乾隆二十七年(1762年),清政府设伊犁将军。
清朝前期,新疆天山南路的居民主要是信仰伊斯兰教的维吾尔族。伊斯兰教在中国又称“回教”,所以这个地区也就被称为回部。清康熙年间,准噶尔部噶尔丹兼并了南疆,维吾尔族首领被拘禁在伊犁当作人质。维吾尔族贵族大和卓木布那敦和小和卓木霍集占也被拘禁在这里,乾隆二十年(1755年)准噶尔部平定后才获得释放,清军派人护送布那敦回叶尔羌(今莎车),让他继续统治旧部,霍集占仍然留在伊犁管理维吾尔族事务。
清政府这样做是想利用他们协助统一南疆的回部,但霍集占却企图搞分裂,参与了阿睦尔撒纳的叛乱。乾隆二十二年(1757年),霍集占弟兄发动大规模的叛乱,杀害了清军副都统 阿敏图等,霍集占自称巴图尔汗,一时各部从者数十万人。
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